neoantigen — 肽 × HLA 筛选

对候选新抗原进行肽–MHC 结合与免疫原性打分。

用法

# 默认：启发式 A*02:01 锚定位矩阵
mrnavax neoantigen --variants mrnavax/examples/tp53_variants.csv \
                   --hla HLA-A*02:01

# 真实的结合亲和力预测（mhcflurry）
pip install -e ".[neoantigen-mhcflurry]"
mrnavax neoantigen --variants mrnavax/examples/tp53_variants.csv \
                   --hla HLA-A*02:01 --backend mhcflurry

# OpenAI LLM
export OPENAI_API_KEY=...
mrnavax neoantigen --variants mrnavax/examples/tp53_variants.csv \
                   --hla HLA-A*02:01 --backend openai

输入 CSV

variant,peptide
R175H,HMTEVVRRC
R248Q,QMNRRPGMT

peptide 是唯一必填列。variant 会保留在 rationale 中。

输出 schema

{
  "hla": ["HLA-A*02:01"],
  "candidates": [
    {
      "peptide": "HMTEVVRRC",
      "hla": "HLA-A*02:01",
      "binding_affinity_nM": 3298.8,
      "binder": false,
      "immunogenicity_score": 0.05,
      "rationale": "R175H: heuristic HLA-A*02:01 anchor matrix",
      "source": "heuristic"
    }
  ]
}

source 字段记录产生该结果的后端：heuristic、mhcflurry、openai 或 mock。