neoantigen — 胜肽 × HLA 篩選

為候選新抗原（neoantigen）評估胜肽–MHC 結合與免疫原性分數。

用法

# 預設：啟發式 A*02:01 錨定矩陣
mrnavax neoantigen --variants mrnavax/examples/tp53_variants.csv \
                   --hla HLA-A*02:01

# 真實的結合親和性預測（mhcflurry）
pip install -e ".[neoantigen-mhcflurry]"
mrnavax neoantigen --variants mrnavax/examples/tp53_variants.csv \
                   --hla HLA-A*02:01 --backend mhcflurry

# OpenAI LLM
export OPENAI_API_KEY=...
mrnavax neoantigen --variants mrnavax/examples/tp53_variants.csv \
                   --hla HLA-A*02:01 --backend openai

輸入 CSV

variant,peptide
R175H,HMTEVVRRC
R248Q,QMNRRPGMT

peptide 是唯一必要欄位；variant 會原樣保留於評估理由中。

輸出 schema

{
  "hla": ["HLA-A*02:01"],
  "candidates": [
    {
      "peptide": "HMTEVVRRC",
      "hla": "HLA-A*02:01",
      "binding_affinity_nM": 3298.8,
      "binder": false,
      "immunogenicity_score": 0.05,
      "rationale": "R175H: heuristic HLA-A*02:01 anchor matrix",
      "source": "heuristic"
    }
  ]
}

source 欄位記錄產生此次評估的後端：heuristic、mhcflurry、openai 或 mock。